Le charbon végétal actif reste dans le tube digestif, de par sa présence, il va absorber, autrement dit fixer, les composés indésirables se trouvant dans le tube digestif comme : les gaz, les additifs alimentaires, les résidus de pesticides ou d'engrais, les métaux lourds, les solvants organiques, les bactéries toxiques provenant de poissons ou de coquillages.
Le charbon végétal peut être employé dans les cas de diarrhées, de gastroentérites, de gastralgies, d'aigreurs d'estomac, d'aérophagie, de flatulences, ainsi que dans les états d'infection de l'intestin accompagnés de constipations et de fermentation intestinale.